2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多外国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等得力属下,并制定了周密的营救计划。发生在21世纪初,秋天的内浜地区。 内浜学园迎来历届最高潮的盛况。以执行部为中心举办的各文化学会最大的展示场地・综合学会。 那将是与新校舍建立的同时,决定废弃的旧校舍所举行最后狂欢节日。