时为公元2205年。 是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。 被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
许多年过去，地球在Z战士的保卫下日渐和平与繁荣。某天，皮拉夫大王和他的爪牙历经千辛万苦来到神殿，找到了神仙与比克大魔王分身前制造的黑星龙珠。由于孙悟空的突然出现，皮拉夫慌忙之中许下让孙悟空变成少年模样的愿望。
