主角天尾翔是一个十分喜欢Live On的小学五年生,但是因为实力低下,从小就一直是输。有一天,翔遇到了一只黄色的小狗一样的“创造怪物”V——ペダル(佩达鲁)。 这场相遇后,翔的全新的Live On的生活开始了……
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。