时为公元2205年。 是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。 被赋予了守护历史这一使命的“审神者”,由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。
神山健二和荒木真司拓展了标志性科幻系列《攻壳机动队》的视野,带领大家畅想2045年的未来世界。电子脑犯罪案件再次到来,身强力壮的人造人Suko Caosha带领公安九班查看并打击此案。
四谷友助(上村祐翔 配音)是一名中学三年级的男生,在班上友助属于默默无闻的那类学生,他既不喜欢结交朋友,在课业上也平平无奇,总是独来独往。一天放学后,友助在意外中穿越到了异世界,让友助震惊的是,他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇(久保田梨沙 配音)和箱崎红末(和气杏未 配音),她们一个是班级里人气极高的美少女,另一个则体弱多病,总是在病假中。然而,在这个世界里,他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界,友助一行人要对抗的,是比他们强大的多的敌人,为了获得胜利保住性命,一切都有被利用的价值,甚至是同伴们的生命,亦可拿来作为与对手博弈的棋子。