2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
由于之前没有任何联系,长野藩的真嗣公主(森川葵饰演)不得不亲自前往江户。公主经过一座大山,有传言说山上有什么可怕的怪物。因此,村民们强烈建议公主远离大山。然而,这个部族的危险迫在眉睫,领主突然去世了。公主和她的一行只能铤而走险。他们进入山后不久,就遭到了可怕的怪物的袭击。在关键时刻,随行的忍者坦藏(藤冈英迪格饰演)救出了公主。危险的旅程从这里开始。虚弱的公主最终能到达江户吗?在他们周围徘徊的怪物是什么?