位于叶佩特斯半岛,以700年历史而自豪的大国——奥尔坦西亚王国。 王国的丰穰土地受到周边国的觊觎,数次暴露在侵略的威胁之下,但侍奉王国的两大公国——奥利维亚公国和科美利亚公国化作王国的剑和盾,使得王国在漫长的岁月中免于战祸。
意外进入密封城市废弃的天宫的男子看到的机器人女孩是一个由星星引导的奇迹故事。那是一个在第二次世界大战后雨下个不停的世界。由于细菌武器的影响,被人们遗弃的最危险的城市是“密封城市”。在一家百货公司的天文馆里,有一个机器人女孩。
それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる!wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る!