故事紧接着上一部展开。菊川玲二(生田斗真 饰)接受了上级布置的新任务——接近并取得黑社会头目轰周宝(岩城滉一 饰)的信任,找到后者犯罪的证据。
接着在他们面前,Super Time Jaker·Tid现身了,在守护少年幸吾的战斗中,庄吾遇见了一位喜欢假面骑士的青年·充(Ataru)。 另一方,独自挑战Tid的战兔,被其洗脑操纵了。而想在强大的敌人面前救出幸吾的庄吾,却被充所告知:“假面骑士,在现实中是不存在的。”那句话的真意到底是什么?究竟是从什么时候开始假面骑士变成了虚构的存在?在谜团逐渐加深的时候,庄吾与战兔追踪着Tid的身影,来到了初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹。