明治政府建立二十余年,新时代虽已来临,却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中,战争的阴影仍笼罩在日本的上空。《光之心》的故事开始于一天,男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来,她发现自己的记忆和情绪已经丧失,通过与岛上居民的精神交流,慧叶逐渐恢复了自己的情绪。