在新的故事中，神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物，强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时，他们将进行皇室斗争，人类的命运岌岌可危
非洲女孩肯（克莱尔·霍佩·阿希蒂饰）非法移民到这个国家，但令人兴奋的是，她怀上了一个孩子。为了保存唯一的人类血统，警察西奥（克莱夫·欧文饰演）和前妻朱莉（朱莉安·摩尔饰演）决定不惜一切代价安全离开肯尼亚，但接二连三的子弹让他们很难继续前进。在逃亡过程中，婴儿在一个难民营出生。目前，保存人类最后的希望已经成为西奥心中唯一的信念。
故事围绕高仓氏的三个兄弟姐妹展开，包括高仓小林（木村义弘配音）、高仓静马（木村吉弘配音）和病入膏肓的妹妹高仓义弘（荒川美穗配音）。有姐妹控制情结的高仓兄弟都非常珍惜杨秋，但医生让他们做好了随时失去妹妹的准备。
