作品的男主角椿明本是都立风见台高中的一名普通的二年级生,但自从一位充满“谜”的转校生卜部美琴到来后,椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一个不会进行社交活动的孩子,她的兴趣是在上下课间的小休睡觉。
与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近
作为安得拉邦疫情的主人,森罗一直是传教士的目标,但他仍在继续行动,以防止他们。遇到一个年轻女孩,她有着“安得拉爆炸”和帝国王国隐藏的“天照”背后的巨大秘密。这个被火焰迷住并被火焰指引的年轻人正在一步一步地接近真相。