地球已经很久没有被怪物入侵了,似乎已经恢复了和平。随着人类将目光进一步转向宇宙,与怪物灾难作斗争的团队规模正在逐渐缩小。就在这时,神秘的宇宙漂浮体“狮身人面像”突然对地球发动了攻击。地球和宇宙之间的联系已经被切断,成为一个“孤独的星球”。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!