涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
20年前，劳拉（安吉丽娜·朱莉饰演）的父亲（乔恩·沃伊特饰演）在一座古墓中挖掘出的盒子里发现了一个神秘的时钟。劳拉从她父亲那里得知，这个时钟与一个神秘的组织有关。
宇宙中一个超级黑洞，正在向塞博特恩袭来。但是，没有任何对抗这个黑洞的手段，塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候，一个叫引天行的古代战士穿越时空，来到了塞博特恩。
