2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金 田的职业高中学生。 突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。 铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。
2010年，小学教员市川新市（哀川翔 饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。
