一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场,适逢馆主清十郎(平田昭彦 饰)外出,内中徒众一一落败,武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心,几番设计谋害武藏,皆被破解。而另一方面,武藏却与阔别已久的阿通和朱实(冈田茉莉子 饰)不期而遇,刀光剑影中,武藏对爱情作出了断,也完成了和宿敌佐佐木小次郎(鶴田浩二 饰)的初次相逢……
剧场版将沿用第二季末的剧情,新的天使机器人风音日和将正式出现在剧场版中。风音日和是智深的第四个天使机器人后宫,也是四个天使机械人中最温柔、最害羞、最有女人味的一个。他也是直树发誓永远不会忘记的人。