STORY被称为结城新一郎的最后一位侦探，他们和他的搭档组成了一对侦探组合，以解开这个世界上的谜团和真相。当面对无法用常识解释的谜题或案例时，在真次郎的推理和因果合作的帮助下，这些难题往往很容易得到解决。
三年前的一场交通事故令凉宫遥（栗林美奈实 配音）陷入了昏迷之中，鸣海孝之（谷山纪章 配音）一直将交通事故的责任归结在自己的身上，因此陷入了痛苦和颓废之中，在此期间，爱慕着孝之的速濑水月（高桥智秋 配音）不离不弃的照顾和鼓励着孝之，两人不知不觉之中就开始了宛如情侣一般的半同居生活。 某一日，凉宫遥突然从昏迷中苏醒了，因为脑部受伤，所以她的记忆暂时出现了混乱。孝之将此当做是赎罪的契机，于是一直守护着凉宫遥，水月将这一切都看在眼里，她直到，孝之真正喜欢的只有凉宫遥一个人，黯然之中，她选择了默默退出。
足球社的王牌“真田幸村”、棒球部的王牌“伊达政宗”，高呼着团结就是力量的“德川家康”，矢志打倒家康的“石田三成”等人纷纷参战——这个混乱的学园，还会有明天吗？
