故事告诉孙策伯父带领一群南洋大学的人前往京都进行“冀鄂之旅”，而京都一位身穿“道鄂”的全新战士正在等待他们，他继承了战国勇士的灵魂。一场以京都地区为舞台的全新战役即将开始。剧情与原版动漫没有太大关系，它类似于日本以外的一集。
…我没有名字。里面都是空的。你叫什么名字？”“我叫志崎疯狂三。“失忆的女孩“Kongo”在所谓的邻国醒来，遇到了志崎疯狂三人。她跟随疯狂三人来到一所学校，那里聚集了一群被称为准精灵的女孩。十个年轻女孩聚集在一起互相对抗，还有来自校外的空女。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
