从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。在与天皇爱团主席富本广人和津(津贺正人配音)的决斗中,伊藤胜实(Hagihara Saga配音)跌跌撞撞,欠对方高达1000万日元的债务。由于无力偿还,Kaisi被Di Ai团队强迫在地下设施工作。