麻生圭司发了一封有意义的信和50万日元的佣金，柯南、兰和小五郎去了泉中的月影岛。然而，钢琴家麻生在村里的办公室听到麻生的消息后，被告知他12年前在岛上的一个家庭自杀。
日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。 时光流逝，公元2035年。 脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......
