莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。 凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。
在不久的将来，东京将成立两个主要组织来夺取“最强武器”：旨在开发最强武器的制导重工业和操纵遗传因素创造优秀人类的NSWF。他们的共同目标是获得终极武器“WITCHBLADE”，该武器拥有最强的力量，只能由选定的女性操纵。地震发生六年后。。。
