银河帝国贵族社会的腐败和自由星球联盟缺陷的集团政治，可以称之为民主，侵蚀了两国。之后，在8世纪末的万国历中，两位天才的出现推动了历史的发展。“获胜天才”莱因哈特·冯·罗扬克拉姆和被称为“不败魔术师”的杨伟力。两人率领帝国军队和盟军进行了一场未知的冲突。
而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
随后，发生了多起神秘女子在警方不知所措的情况下采取行动解决事件的案件。事实证明，这个神秘的女人是一个正义的战士，她在《可爱的蜂蜜》中声称自己有神奇的能力。她将面对同样拥有魔法能力的犯罪集团“凡萨圣衣”的成员，四大天王，以及他们的头目希斯塔吉尔。为了防止日本受到“凡萨圣衣”的破坏，翠特蜜与青儿早美、女警秋雅子等《每日早报》记者联合作战。而可爱蜜的真实背景也在与“凡萨圣衣”的战斗中逐渐浮出水面。
