幕府时代末期,外忧外患,山川动荡。人民的生活很艰难,他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动,成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术,并改名为剑心。
公元2176年,位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸,巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及,严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化,变得不再适合于人类的生存。于是,人类开始了一场异常浩大的移民工程。
动画在地球的舞台上展开,地球被神秘的外星人德拉克特和几乎所有的人类摧毁了。过去,Ikesia的居民过着普通的生活,对被抹去的毁灭之日的记忆一无所知。Ikesia是人类躲避外星人的避难所。