U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。
与沉默寡言的Ayanami（由Hyumi Lin配音）不同，Akira自信，甚至有些傲慢。在和真嗣在一起的那段时间里，她开了很多关于彼此的玩笑。他们分别驾驶零号、一号和二号飞机，抵抗了第八使徒的猛烈攻击。在这个过程中，一种淡淡的情绪在这三位年轻男女的心中悄然发芽。不久之后，第九和第十使徒相继抵达，真嗣和他的同伴们面临着残酷的生死考验。。。这部电影是新剧场版《福音战士》三部曲的第二部分。
