可是，监督他飞行的教官不是别人，竟是那个以严格著称的原田典嘉（时任三郎 饰），一想到这一点，铃木就在心里为自己暗暗捏了一把冷汗。 同样不安的还有新人空姐齐藤悦子（绫濑遥 饰），她所要面对的，是同事们望而生畏的乘务长山崎丽子（寺岛忍 饰），各种各样有关于她的传说轮番在悦子的脑海里上演，还未挨骂，悦子就已经感到泪水在眼眶里转动了。不幸的事情还是发生了，问题接踵而至，先是负责售票的木村菜系（田畑智子 饰）发现机票超售，之后，机务人员中村弘树（森冈龙 饰）在检查机体时又在更换零件上耽误的过多的时间。飞机的起飞时间眼看着就要临近，一切真的都没问题吗？
自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
全片由三个被称天下第一奇的古代传说组成，《奇字—赚兰亭》由岳华主演，描述唐太宗寻求心仪的兰亭帖，派御史箫异与兰亭帖收藏人辩心斗智斗力的经过。《奇书—惠莲》描述明代名士王世贞为报父仇，將毒汁浸在手卷中，
