在公元2015年,一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」,透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。五年前,瘟疫在大冢村一夜之间蔓延开来。为了防止疾病的传播,周围的村庄用大火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子,Nobunaga Kuzuka、Gensuke Kukawa和Binlu幸存了下来。三人被教会收养,在其他村庄过着平静的生活。