在日本的某个时刻,突然出现了一种奇怪的现象,所有的文学书籍都被染成了黑色。这是一场由书中作为“侵略者”而产生的负面情绪造成的灾难。被侵蚀的文学书籍将逐渐从人们的记忆中消失,最终变得好像它们从一开始就不存在一样。
13岁的刘Pleiaoxing(田中真功配音)在烹饪方面很有天赋。自从母亲去世后,他和妹妹一起管理楼下的菊花,过着平静舒适的生活。然而,一位不速之客打破了这一切,他母亲的学徒绍安打算占领这家餐厅。
それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる!wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る!