在这个居住着不可思议的动物与人的世界中，色彩消失了。被选为守护世界的救世主的茜在大冒险的结束之前，改变人生的决断是什么？一生仅有一次的，特殊又奇妙的生日即将开始……！
然而，其“科达模型作战部”中唯一剩下的人是部长——来自初中的三年级学生，信浓文奈。根据新的比赛规则，如果你想参加比赛，你必须三人一组参加战斗。然而，由于人员短缺，圣风学院的科达模式很难与战争部竞争。一次偶然的机会，一个转学生出现了，他就是神木世界，多年来一直跟着师傅练习次元霸王流拳。之后，被称为柯达模型天才创造者的高坂由马也加入了进来。最终，天野、神木世界和高坂义马三人组成了Team·Try·fighters，他们得以在柯达模型格斗比赛中首次亮相，并挑战世界大赛。
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
