然而,面对经过了进化的新型异生兽,夜袭队亦束手无策,在这个节骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准(桐岛优介 饰)出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中,奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉(川久保拓司 饰)是TLT里的新进成员,当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后,开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
2005年,美国国家航空航天局发现了一颗类似地球的外星行星,并确定其上可能存在智慧生命。为了与外星智慧生物取得联系,美国国家航天局启动了“灯塔计划”,并在夏威夷发射了一个深空通信阵列基地,传输高功率信号进行探测。几年后,一艘外星飞船意外抵达。