第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
时间是不远的将来，地点是日本。警察部队正在追捕由机器人领导的奇怪暴乱团体，但在敌人的火力下，警察显得很脆弱。英勇的女警官秋夏子的名字挂在了绳子上，但幸运的是，她被一个突然出现的神秘女人救了下来。
然而，在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华（罗米·帕克配音）和阿方斯（奈宫丽姬配音）兄弟，由于对母亲的极度思念，不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切，为了恢复并寻求更多的炼金术知识，他们成为了国家炼金术师，并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索，兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相，对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
