全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
神与魔之间的战斗已经持续了数千年。地狱圣女阿修罗（叶韵仪饰）卷入了两个世界之间的战斗。但她爱上了光明幸福的人类世界。她恳求慈空法师给她一个留在这个世界上的机会。
