在经过了「女皇之刃 流浪的戰士」以及「女皇之刃 王位的繼承者」，第三季的动画已确定为「女皇之刃 叛乱」，这次的故事可是建基于「女皇之刃」原作的第二系列第一作「叛乱的骑士姬」，所以这次的主角将会是由骑士公主安妮洛特担任。
E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）躲在暗处，相机而动。对手一方，名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击，从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱，军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德（入野自由 配音）和蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）等人因种种原因流落街头，他们遇到了一群奇怪的老太太，从而过上了几天难得的轻松生活，彼此间似乎也多了些心灵上的交流。 这是风暴前夕最后的平静时刻……
フウとスズは、ふたりで旅をしている女の子。目的は、子豚のプープーの墓参りだ。途中、ふたりはスズの赤ちゃんを父親の木嶋という男に見せに立ち寄ることになる。ところが、そのことを知った木嶋はビックリ。
