值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生，学校不得不关闭，就在这时，九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。
性格迥异的二人携手搞定了花哨白领沼田卓也（冈田将生 饰）的性骚扰案，知名演员南部哲郎（高桥克实 饰）之子的打人事件以及律界精英箕轮正臣（竹野内丰 饰）内心深藏多年的烦恼。 下跪谢罪作为国粹，经黑岛得到了极大的发扬，甚至他还被请去解决日本和蒙坦王国之间的国际纠纷。然而一向轻车熟路的他，却遇到了从业以来最大的挑战……
