在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中，由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与，这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主，卫宫侍郎也受伤了，失去了英雄Saber。然而，为了保护小樱，侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱，也逃不过魔术师自己的命运
为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
