在江户时代,在幕府将军德川义明设立的命令箱上的普通人的呼声下,“新知町不动户”这个名字被设立为“minbugyo dokoro”(一个地方长官办公室)。它的作用是消灭统治江户的巨型昆虫。
最近,学校成立了一个新的“From Education Department”,以培养配得上完美小姐的管家和女佣。日野秋原通过了考试,成为了校园里的一名新生。由于长相怪异,眼神凶狠,秋晴在校园里被视为局外人。让他没有想到的是,在这里,他意外地与儿时的玩伴富美彩晶(川口亚子配音)重聚。正是这个性格非常阴暗的天真女孩,给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤。这次意外的重聚是否意味着秋晴的噩梦还会继续?
心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力,终于得到了试镜的机会,并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚,当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入,无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马(创作)、灰村清孝(插画)的轻小说改编。