宜城的春天就要这样到来了吗？令一郎惊讶的是，在他的第一次约会中，他被天野由马杀死了。原来西玛的真实身份是下层堕落天使丽娜丽。她接受了教会的命令，专门来刺杀一郎。就在一郎魂飞魄散的那一刻，学校公认的校花利亚斯（由日崎优子配音）出现在了他的面前。她用一个恶魔棋子复活了一郎，并让他成为他的家属。教会暗杀一郎的真正目的是什么？一郎将如何面对起死复活的生活？
渴望环游世界的日本青年大分全宏在美国贫瘠炎热的沙漠中遇到了巴基斯坦人阿里（卡维·拉兹饰），他的车坏了。阿里多年前把妻子赶出了家门，得知她可能住在菲尼克斯。他千里迢迢来到异国他乡寻找她。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
