故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。
为了纪念他生前母亲对他的昵称，小乌龟给小乌龟取名为“投头”，并在父亲不知情的情况下把投头留在家里。平时不喜欢在家说话的小透一天比一天开朗，这让小洁既惊讶又高兴。然而，事情并不是那么简单。这不仅仅是一只普通的小乌龟。它不仅以惊人的速度生长，而且知道如何创造气流在空中飞行。儿时的邻居女孩西尾麻衣得知了这一切，并告诉小导师，托托可能在33年前通过自我毁灭拯救了志摩城的怪物Gamela。后来，呆头长大了，无法掩饰，小呆把它搬进了海边的一个秘密小屋。马伊琾一直有心脏问题，第二天她将去名古屋的一家大医院做手术。得知此事后，小透决定将当地流传的能给马伊琾带来好运的深红色守护石送给他。这块守护石正是投头出生时发出红光的石窝。马伊琾为此向两位小透表示感谢。有一天，投投突然从小屋里消失了。小头正准备四处搜寻时，一只名叫吉达希的凶猛蜥蜴怪物出现了，它不仅在镇上肆虐，还捕食人类。小杰赶到现场，打算带儿子和同伴脱离危险，但他不知道吉大士已经在背后开口了。就在关键时刻，一个巨大的身影一闪而过，将纪大石打得粉碎。果不其然，图图就是年轻的卡米拉。经过一场激烈的战斗，只有Thorough成人大小的四分之一，最终将Jidus驶入大海。他耗尽了自己的力量，被政府内阁官员和巨型生物审查委员会带走。然而，Thorough只能看着Thorough被军队护送离开。然而，坏消息后来带来了好消息：马伊琾的母亲打电话告诉小透，她女儿的手术已经成功完成。令人惊讶的是，马伊琾一直梦想着把守护石还给透透。学者愚公原本打算对卡米拉进行一次诱导生长的手术，以使其快速成长，抵御可怕怪物的攻击。然而，当实验仍在进行时，吉达希再次降落在名古屋，让研究机构措手不及。他的成长并不是完全透明的，所以他只需要再次面对它。此时，小透正在前往名古屋的路上，意识到守护石必须回到头透才能发挥最大的力量。但小透的徒步旅行太慢了，马伊琾也很想亲自把守护石送回来，但被父母和医生劝阻了。Tou Tou在面对纪大石的时候根本没有还手的力气，现在已经很危险了！
