故事描述了在五丈原之战中病逝的诸葛孔明年轻时转世到现代东京都涩谷,那里举行了万圣节游行。于是,他遇到了词曲作者吉本英子,为了帮助英子实现梦想,孔明发挥了自己的军事才能,成为英子的军事顾问。被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”,并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。