然而，在炼金术方面拥有极高天赋的爱德华（罗米·帕克配音）和阿方斯（奈宫丽姬配音）兄弟，由于对母亲的极度思念，不惜触犯禁忌。最终的代价是爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的兄弟阿尔方斯只能把他的灵魂附在一件巨大的盔甲上。两兄弟最终明白了一切，为了恢复并寻求更多的炼金术知识，他们成为了国家炼金术师，并踏上了寻找终极炼金术物品——哲人石的旅程。通过不断的探索，兄弟俩终于找到了这块哲人石背后的真相，对他们所处的军事化国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭。。。炼金术的未来在哪里。
谷宫奈奈香（由夏川Spine Vegetables配音）跟随父亲回到了他的家乡磁盘街，奈奈香在那里遇到了他以前的玩伴。性格内向、沉默寡言的细川博史（小松美加子配音）、活泼开朗的看板女孩小千原克纯（和村遥配音）、不屑的水坂由纪（丰崎爱生配音）和她的哥哥水坂加田（石川真司配音）。当失去的记忆再次被铭记，当告别的朋友团聚时，命运的齿轮开始转动。
新天地に夢を求めて、東京から西伊豆の港町にある高校に美人教師・三村靖子が転任してくる。ところが、生徒たちはチンピラ同様の生活をしている猛獣のような連中ばかり。靖子は、一念発起、ラクビー部を創設し彼らの更正に乗り出すが、彼らの兄貴分であるストリップ興業師の祐吉とのあらぬ噂が立ってしまい…。
