某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?