Zi-O使用变身腰带“时空驱动器”，并装上变身道具“驾驭表头”变身。而且，能透过获得蕴藏着历代平成假面骑士力量的驾驭表头，将其力量解放，便能够穿上各平成骑士的装甲。这样，能够使用全部平成假面骑士力量的Zi-O，简直就是拥有从2000年开始“平成假面骑士”20部作品力量的超级英雄！自此，平成最后一位假面骑士的故事开始了。
庞大的统一组织“ACCA”存在于一个被划分为13个自治区的王国中。由于过去的政变危机而成立的ACCA一百年来一直在持续维护人民的和平。ACCA总部监督部副主任吉恩·奥塔斯是该组织中最难对付的人，因此获得了“吸烟者吉恩”的绰号。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
