美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
在绝望的情况下，无处可去的Satsuma遇到了一位名叫Akira Kuramura的老人（由Akio Otsuka配音）。这位好心的老人接受了相扑。仓流和他的孙女早美（Toyasaki Aisheng配音）过着相互依赖的生活。现在他们家又多了一个女孩，生活变得活泼起来。与莎玛一同出逃的还有无忧无虑、无拘无束的西朝日（藤原夏海配音）和她的双胞胎妹妹西雅町（鬼头明日配音）。女孩们不得不一步一步地面对紧迫的研究人员和她们错综复杂的背景。
露西亚，来自北太平洋的美人鱼公主，登陆寻找她七年前由海中拯救的男孩，当时这位男孩溺水了，她用粉红色的真珠救了他一命，并且把她最珍贵的粉红色珍珠交给那位男孩。
