故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
在青楼女子白牡丹的帮助下，平民女子卓青莲得以幸存。为了报谋杀丈夫和儿子的仇，青莲改变了主意，化名如雪。她巧妙地运用自己的智慧，让宫廷画家高贤俊将她画成了一个美丽的人物，从而进入了宫廷。如雪和牡丹在接触，一步一个脚印，赢得了太子的真心。背后是小女孩的复仇阴谋
