幕府时代,公仪介错人(为剖腹者斩首的刽子手)拜一刀(若山富三郎 饰)执行上层命令,为年幼的地方领主斩首。归来后梦见妻女被人所杀,心生不祥预感。柳生手下拜访拜一刀,看见堂中为断头者摆放的灵位,遂以谋反罪名密告柳生家族。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?