鲁邦三世与次元大介为了得到秘宝“小小彗星”潜入东德洛阿。东德洛阿因为本国的著名歌手 玛尔塔在邻国西德洛阿被刺杀而与该国进入一触即发的紧张状态。鲁邦三世与次元大介成功得 到了“小小彗星”，但在逃走时，次元大介被狙击。 是谁狙击了次元大介？为了什么？看到穿过身体的子弹，次元注意到这与在西德洛阿被暗杀的 歌手的子弹是一样的。 次元大介与鲁邦一起来到墓地。两人惊讶地发现那里居然有“次元大介”的坟墓 ！ 从这个信息次元大介推测出犯人，那就是在暗杀前会提前为死者准备坟墓的奥崎，没人能从他 的暗杀下逃出。 鲁邦与次元两人潜入奥崎的秘密小屋，从一间房间的屏幕上看到了被囚禁的不二子！这时，奥 崎出现。 对决的时刻来到了。打破静寂的枪声！被打中的是——！ 再见了，次元……！
三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
传说中的百人斩万次（木村拓哉 饰），曾经经历了失去妹妹的痛苦，此后失去升至希望的他，被一个神秘的老婆婆赋予了不死之身的能力。可是永世的伴随永恒的痛苦，万次始终不忘寻找终结永恒的机缘。这一日，少女浅野凛（杉咲花 饰）找上门来。
