新学期刚开始,高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天,他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火,并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节,然而就在同一时间,一名少女出现在他面前。
当一个人在生活中面临重要的选择时,一面旗帜会被举过头顶,而看似普通的年轻旗帜瑞萨塔(Ryuta Toyasaka配音)由于一场事故获得了看到这些旗帜的特殊能力。有一天,佐藤转学到世界知名的贵族学校私立七股书院。
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。