由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”…… 因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。 使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。 她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。 SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。 与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。 以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。 追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
